Lancée au mois de janvier par l’Institut Pasteur, la Task force Coronavirus mobilise aujourd’hui 300 personnes autour de projets pour répondre au défi de la pandémie d’infection par le coronavirus COVID-19.
Ainsi l’Institut et ses 32 organismes membres du Réseau international des instituts Pasteur œuvrent aujourd’hui autour de 16 projets de recherche. Ils portent sur la recherche épidémiologique, la connaissance du virus et de sa pathogénèse, la recherche thérapeutique, le développement d’outils pour la recherche et de tests diagnostics ou encore des vaccins éventuels :
Recherche épidémiologique
- Constitution d’une collection d’échantillons biologiques humains en France.
Objectif : détecter la présence d’anticorps spécifiques anti-SARS-CoV-2 chez différentes populations, soit ayant effectué un séjour en Chine dans les semaines ayant précédé le début de l’épidémie, soit ayant présenté une suspicion d’infection à SARS-CoV-2. Le but étant de comprendre quand et comment s’est effectué le passage de l’animal à l’homme, quand la circulation virale chez l’homme a-t-elle commencé en France, quelle est la période de contagiosité et quel est le pourcentage de formes asymptomatiques ou peu symptomatiques.
Connaissance du virus et de sa pathogénèse
- Évolution du SARS-CoV-2 chez l’humain pendant l’infection et de la réponse immunitaire par anticorps.
Objectif : comprendre l’évolution de la population virale du SARS-CoV-2 chez l’hôte au cours de la maladie, en relation avec l’infectiosité du virus et l’établissement de la réponse immunitaire humorale (par anticorps). Cette connaissance est importante pour identifier les tendances de progression de la maladie et donner des clés pour mieux gérer la prise en charge des patients et leur sortie. En outre, des données détaillées sur l’évolution de la population du virus SARS-CoV-2 en relation avec la progression de la maladie, le traitement antiviral et les sites d’excrétion virale, sont nécessaires pour mieux évaluer leur lien avec la gravité de la maladie et l’échec potentiel des traitements antiviraux. - Une technique pour identifier les facteurs de la cellule importants pour l’infection par le SARS-CoV-2.
Objectif : effectuer des tests « CRISPR / Cas9 » pour identifier les facteurs cellulaires impliqués dans l’infection par le SARS-CoV-2 et les protéines antivirales inhibant sa réplication afin d’identifier des facteurs cellulaires clés qui peuvent être des déterminants de la virulence et peuvent représenter des cibles thérapeutiques. - Fusion du SARS-CoV2, réplication et réponses de l’hôte.
Objectif : analyser dans les cultures de cellules et chez des souris modèles le rôle de l’interféron et des « IFITM » (protéines transmembranaires induites par l’interféron) sur la réplication et la pathologie du virus SARS-CoV2. - Caractérisation des interactions intra-virales du SARS-CoV-2 et des interactions virus-hôte axées sur la signalisation de l’immunité innée.
Objectif : Le cycle de réplication des coronavirus dépend de nombreuses interactions protéine-protéine, d’une part entre les protéines virales pour générer des complexes protéiques fonctionnels, et d’autre part avec des protéines de l’hôte pour inhiber la réponse immunitaire innée. L’identification de ces interactions, qui sont essentielles à l’infection virale, peut révéler des mécanismes moléculaires impliqués dans la pathogenèse, et identifier les points faibles du virus qui pourraient être ciblés d’un point de vue thérapeutique. - Vers une détection contrôlée du SARS-CoV-2 par le système immunitaire inné.
Objectif : La détection CoV-2 fournira des connaissances pour expliquer la réponse immunitaire innée au SARS-CoV-2, y compris les effets néfastes de la réponse immunitaire, afin de trouver des stratégies de conception d’antiviraux à large spectre et d’adjuvants vaccinaux. - Origines, réservoirs naturels et transmission inter-espèces du SARS-CoV-2 et d’autres coronavirus dit « SARS-like ».
Objectif: accroître la compréhension de l’origine, de l’histoire naturelle et de la dissémination du SARS-CoV-2 et des coronavirus apparentés dans leur environnement naturel. Il s’agit en particulier de mieux comprendre la transmission inter-espèces (entre chauves-souris, entre chauve-souris et animal, entre chauve-souris et humain), primordiale pour atténuer de futures émergences. - Suivi de l’origine et de la transmission / propagation du SARS-CoV-2 au Laos et au Vietnam : recherche de virus de type SARS et détection d’anticorps chez les vertébrés.
Objectif : rechercher d’autres coronavirus de type SARS chez divers vertébrés et arthropodes et détecter chez les animaux et les humains exposés au virus, les infections à coronavirus passées.
Recherche thérapeutique
- Des génomes viraux défectueux (DVG), inhibiteurs antiviraux potentiels du SARS-CoV-2.
Objectif : utiliser un pipeline pour identifier les meilleurs candidats DVG (molécules connues pour inhiber les populations virales). Ceci pourrait aboutir à une industrialisation des DVG comme traitement antiviral contre le SARS-cov2.
Développement d’outils pour la recherche
- Développement de lignées cellulaires pour la recherche.
Objectif : générer une lignée de cellules particulières qui servira de base pour mieux caractériser le coronavirus SARS-CoV-2. Les lignées cellulaires générées seront utiles pour faciliter l’isolement d’échantillons cliniques de coronavirus, ainsi que pour effectuer d’importants criblages à haut débit. - Caractérisation des anticorps chez les patients en convalescence et développement d’un test sérologique appliqué à une enquête épidémiologique chez des individus exposés au SARS-CoV-2.
Objectif : développer un test pour mener une première enquête sur la prévalence des anticorps parmi les personnes qui ont été exposées au coronavirus SARS-CoV-2. Il s’agit d’obtenir un test sérologique spécifique qui se prête aux tests à haut débit de l’infection au COVID-19. - Technique de séquençage génomique du SARS-Cov-2 pour analyser les échantillons cliniques de basse qualité.
Objectif : ce projet technique mettra en œuvre et optimisera une approche capable de traiter des échantillons cliniques même s’ils sont de faible qualité et à faible charge virale. - Développement d’outils sérologiques COVID-19 simples et enquête sérologique ciblée sur des individus à risque.
Objectif : développer des outils sérologiques simples à l’aide de virus vivants pour la mise en place de trois types de test : un test ELISA (méthode immuno-enzymatique), un test IFA (basé sur l’immunofluorescence) et des immuno-dosages multiplexes dits « MIA » (capables de détecter plusieurs cibles).
Développement de tests diagnostics
- Production d’antigènes recombinants de deux protéines du coronavirus SARS-Cov-2 et génération de nano-anticorps contre ces protéines pour des applications diagnostiques et thérapeutiques.
Objectif : développer des tests diagnostiques rapides et fiables de l’infection pouvant être effectués en quelques minutes à tout moment et en tout lieu, en dehors des laboratoires de recherche, ainsi que de tests sérologiques pour pouvoir surveiller quasiment en temps réel la propagation de l’épidémie et aider à la mise en œuvre des mesures d’atténuation.
Candidats vaccins
- Développement d’un modèle animal et développement accéléré d’un candidat vaccin à ADN.
Objectifs : développer un modèle de souris pour l’infection par SARS-CoV-2 et évaluer l’immunogénicité (capacité à induire une réaction immunitaire spécifique) et l’efficacité (capacité de protection) de candidats vaccins à base d’ADN. - Glycoprotéine Spike, vecteurs lentiviraux et vaccin à cellules B/T.
Objectifs : développer le plus rapidement possible un test in vitro pour détecter et quantifier les anticorps neutralisants anti-SARS-CoV-2, tout en contournant la manipulation dangereuse du virus, test qui servira notamment à démontrer la faisabilité des candidats vaccins (« preuve de concept ») ainsi qu’un candidat-vaccin prophylactique contre le SARS-CoV-2, basé sur des vecteurs vaccinaux lentiviraux.
Pour consulter l’état des lieux des projets de recherche, cliquer ici : https://www.pasteur.fr/fr/projets-recherche-coronavirus#haut.
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